O i3S tem diversas parcerias com instituições educativas públicas e privadas que visam responder às necessidades de escolas e alunos.
Os investigadores do i3S disponibilizam, através destas parcerias, competências na área das Ciências da Saúde, quer pela dinamização de atividades nas escolas, contribuindo assim para a literacia científica dos alunos; quer pelo acolhimento e acompanhamento de alunos em estágios, normalmente de curta duração.
Os Clubes Ciência Viva são um programa da Ciência Viva – Agência Nacional para a Cultura Científica e Tecnológica. Os Clubes funcionam nas escolas como espaços abertos de contacto com a ciência e a tecnologia, para a educação e para o acesso generalizado dos alunos a práticas científicas, promovendo o ensino experimental das ciências. Com o objetivo de fomentar a interdisciplinaridade e a abertura das escolas à comunidade, as atividades desenvolvidas pelos Clubes, resultam de parcerias sólidas entre as Escolas e outras instituições, na qual o i3S se inclui. Foram estabelecidos protocolos plurianuais com as seguintes entidades:
Agrupamento de Escolas de Gaia Nascente
Agrupamento de Escolas de Paços de Brandão
Agrupamento de Escolas de Padrão da Légua (Matosinhos)
Agrupamento de Escolas de Valongo
Agrupamento de Escolas Diogo de Macedo
Agrupamento de Escolas Eng. Fernando Pinto de Oliveira (Leça da Palmeira, Matosinhos)
Agrupamento de Escolas Garcia da Orta (Porto)
Agrupamento de Escolas Nº1 de Marco de Canaveses
Escola Básica e Secundária de Canelas (Gaia)
Escola Secundária de Rocha Peixoto (Póvoa de Varzim)